Combat tussen spaceschepen zal waarschijnlijk gaan lijken op de tactische en logge gevechten uit Pirates of the Burning Sea. Je hebt de traditionele skills die je pas weer kan gebruiken nadat een timertje is verstreken, maar je hebt ook skills die zijn gebouwd op 'resource management'. Door bijvoorbeeld de power van wapens en engines over te zetten naar je schilden kan je meer schade opvangen, of door meer power naar de wapens te zetten kan je weer extra vernietigende aanvallen doen.


Net als bij je ras is ook bij de spaceships de nodige customization mogelijk. Je begint met een standaard schip dat je tijdens het spelen van het spel helemaal naar eigen smaak kan aanpassen: verander het ontwerp van je saucer sectie naar dat van een ander type schip, kies een ander uitziend type warp nacelles, geef je schip kleurtjes en markeringen, verander de naam van je schip, pas het interieur aan naar het Star Trek tijdperk van je keuze. Vrijwel elk onderdeel vna je starship kan worden aangepast of vervangen.