Het Klingon Empire is een meer kwaadaardige variant van de Federation. Waar de Federation een vreedzame democratie is valt het Kling Empire meer te vergelijken met een wrede dictatuur. Het hele keizerrijk van de Klingons wordt bestuurd door een Chancellor en een High Council, die weer is samengesteld uit 24 leden van de Great Houses (de adel) van de Klingons. Zij regeren over alle werelden die binnen "hun territorium" vallen en zijn erg paranoide als het gaat om het beschermen van de grezen van dat territorium.

• Romulan Star Empire: Een van de grote galactische machten die regeert over de Romulans en al hun onderdanige rassen en planeten. Deze factie staat bekend om hun xenofobische aard, extreme geheimhouding en vergaande territoriale verdediging. Of deze factie meteen al in het spel zal zitten is onduidelijk maar ze zullen in iede rgeval pas na de release van het spel door middel van updates of expansions een grote rol gaan spelen.
• Tholian Assembly: Dit is de regering van de Tholians: een ras wezens met een kristalachtige samenstelling. Ze leven in het gebied dat grenst aan zowel de Federation als het Klingon Empire. Ze zijn genoemd als speelbaar ras (maar omdat het geen mensachtigen zijn willen we dit nog niet als feit presenteren).
• Orion Syndicate: Een criminele organisatie, oorspronkelijk opgezet door de Orions, groene mens-achtige aliens die crewmembers van schepen ontvoerden om ze als slaven te verhandelen. Later is de organisatie steeds meer verandert in een soort maffia. Ze heersen over een stukje ruimte dat bekend staat als "the Borderland", grenzend aan het Klingon Empire. Orions zullen een speelbaar ras zijn.
• The Borg: Wie kent ze niet? Het "ras" van mechanische wezens, bestaande uit een mengelmoes van allerlei geassimmileerde rassen die als doel heeft om de unieke karakteristieken van alles en nog wat aan hun eigen collectief toe te voegen.